Em 2002 candidatou-se a deputado federal por São Paulo, obtendo a maior votação da história brasileira para aquele cargo. Seu partido obteve votos suficientes para, através do sistema proporcional, eleger mais cinco deputados federais (mesmo com votações inexpressivas, abaixo dos mil votos). Este episódio ficou marcado pela polêmica de que alguns destes candidatos teriam mudado de colégio eleitoral de forma ilegal apenas para serem eleitos pelo princípio da proporcionalidade, confiando nos votos conferidos ao partido através de Enéas. Enéas também participou ativamente das eleições para prefeitos e vereadores em 2004, ajudando a eleger vereadores em várias capitais, como Rio e São Paulo, e prefeitos em pequenas cidades.

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Um resumo da vida de ENÉAS. Clique aqui.

No início de 2006, Enéas passou por sérios problemas de saúde, uma pneumonia e uma leucemia mielóide aguda, fazendo com que ele optasse por retirar sua folclórica barba, antes que a quimioterapia o fizesse. Ainda em função de seus problemas de saúde, em junho de 2006 Enéas anunciou que desistiria de sua candidatura à Presidência da República e que concorreria novamente à Câmara de Deputados. Na nova campanha, mudou seu bordão para “Com barba ou sem barba, meu nome é Enéas”. Foi reeleito com a quarta maior votação no estado de São Paulo, atingindo 386 905 votos, cerca de 1,90% dos votos válidos no estado.

No dia 6 de maio de 2007, aos 68 anos, Enéas Carneiro faleceu em sua casa, vitimado pela leucemia mielóide aguda, após ter desistido do tratamento quimioterápico e abandonado o hospital onde era tratado.